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1、 将应用程序和应用程序快捷方式添加到映像里，再将快捷方式添加到StartUp目录下，这样当系统运行后应用程序就能自动运行；

2、 直接替换Wince的SHELL，即修改注册表：

[HKEY_LOCAL_MACHINE\init]
"Launch50"="explorer.exe"
"Depend50"=hex:14,00, 1e,00

把这个explorer.exe改成你的应用程序（比如：MyApp.exe）；

3、 把应用程序加入到映像，修改注册表：

[HKEY_LOCAL_MACHINE\init]
"Launch80"="MyApp.exe"
"Depend80"=hex:1E,00

可以设置启动顺序和依赖程序；

以上方法都可行，但是都存在一个问题，就是应用程序是集成到NK里面的，也就是说每次升级应用程序都要重新编译下载内核，很麻烦，尤其在程序调试阶段，大家都希望把应用程序放在SD卡上，这样更新起来比较容易；据说通过第三种方法可以实现，即修改"Launch80"="MyApp.exe"为"Launch80"="\STDCard\MyApp.exe"( STDCard为SD卡目录)，但是我试了一下没有成功，因为Launch80运行时SD卡的文件驱动还没有加载，找不到MyApp.exe文件。同样，采用快捷方式加载SD卡里的应用程序也不可行。
所以我采用了另一种方法，自己编了一个小程序，比如叫ShellExe.exe，将此程序加入到映像里，通过StartUp快捷方式调用ShellExe，ShellExe再去调用SD卡里的应用程序，具体实现步骤如下：
1、 在eVC下编译如下代码：

int WINAPI WinMain(HINSTANCE hInstance,
HINSTANCE hPrevInstance,
LPTSTR    lpCmdLine,
int       nCmdShow)
{
WIN32_FIND_DATA fd;
HANDLE hd=INVALID_HANDLE_VALUE;
int iCount = 20;
while(iCount--)
{
hd=::FindFirstFile(lpCmdLine,&fd);
Sleep(500);
if(INVALID_HANDLE_VALUE!=hd) break;
}
if(0==iCount) return 0;
FindClose(hd);
SHELLEXECUTEINFO ShExeInfo={0};
ShExeInfo.cbSize=sizeof(SHELLEXECUTEINFO);
ShExeInfo.fMask=SEE_MASK_NOCLOSEPROCESS;
ShExeInfo.hwnd=NULL;
ShExeInfo.lpVerb=NULL;
ShExeInfo.lpFile=lpCmdLine;
ShExeInfo.lpParameters=L"";
ShExeInfo.lpDirectory=NULL;
ShExeInfo.nShow=SW_SHOW;
ShExeInfo.hInstApp=NULL;
ShellExecuteEx(&ShExeInfo);
return 0;
}

　　生成ShellExe.exe的可执行文件，此段代码主要功能是查找指定的应用程序，然后执行；下面这段代码可以保证在SD卡文件系统正确加载后才去执行应用程序；

while(iCount--)
{
hd=::FindFirstFile(lpCmdLine,&fd);
Sleep(500);
if(INVALID_HANDLE_VALUE!=hd) break;
}

文件的名称和路径由命令行参数指定：

ShExeInfo.lpFile=lpCmdLine;

2、 新建一个快捷方式，如Autorun.lnk，按如下方式编辑其内容：

21#\windows\shellexe.exe \stdcard\MyApp.exe

其中\stdcard\MyApp.exe应用程序的绝对路径；

3、 将MyApp.exe和Autorun.lnk添加到NK里，方法是在project.bib文件内加入如下内容：

ShellExe.exe f:\WINCE420\PBWORKSPACES\LioetEnTer\RelDir\ShellExe.exe NK S
Autorun.lnk f:\WINCE420\PBWORKSPACES\LioetEnTer\RelDir\Autorun.lnk NK S

注意：ShellExe.exe的属性不能带H（隐藏）.

4、 在project.dat里加入如下内容：

Directory("\Windows\Startup"):-File("Autorun.lnk","\Windows\Autorun.lnk")

5、 选择Make Image生成映像（当然Build也可以，就是慢点儿），烧到FLASH里，开机运行，可以看到SD卡里的MyApp.exe被正确执行。

总结

　　这种方法用起来比较方便，ShellExe.exe不用每次都重新编译，只要根据应用程序路径修改Autorun.lnk即可，可以加载Flash、U盘、SD卡里的应用程序。调试及升级应用程序就不用重新烧写内核了。